神经功能紊乱的恢复时间存在较大个体差异，通常需要数周至数月不等。具体时长与病因类型、严重程度、治疗方式及患者配合度密切相关，多数患者经过规范治疗可在3-6个月内显著改善。
疾病类型直接影响康复进程。急性应激引发的短暂性神经功能紊乱，如考试焦虑引发的失眠、心悸，在消除压力源并配合放松训练后，2-4周内多能恢复正常。而慢性疾病导致的神经失调，如长期抑郁伴发的植物神经紊乱，往往需要更系统的药物干预和心理治疗，完全缓解可能需要3个月以上。
治疗介入时机尤为关键。早期出现心慌、手抖、睡眠障碍等症状时就医的患者，通过低剂量药物调节神经递质平衡，配合认知行为疗法，通常2个月内可见明显好转。拖延治疗导致症状固化的病例，可能需要半年以上疗程。治疗期间擅自减药或中断疗程是导致病程延长的主要原因。
生活方式调整具有基础性作用。保持每日7小时优质睡眠，可促进神经细胞修复；规律进行瑜伽、游泳等低强度运动，能提升大脑γ-氨基丁酸水平；增加深海鱼、坚果等富含ω-3脂肪酸的食物摄入，有助于神经髓鞘再生。配合治疗的规律作息可使康复效率提升30%-40%。
神经功能紊乱的预后普遍良好，但需要建立合理预期。生物反馈治疗需持续8-12周才能重建神经反射，抗焦虑药物的起效期通常为2-4周。治疗期间症状波动属于正常现象，过度关注躯体反应反而会延缓康复进程。定期复诊评估，根据病情调整方案，90%以上患者能在1年内恢复社会功能。